La misión del Hospital Militar de Santiago es proporcionar atención de salud de los niveles secundario y terciario, a los beneficiarios del Sistema de Salud del Ejército y a la comunidad en general, en forma eficiente y oportuna, con altos estándares de calidad y seguridad en los diferentes procesos que se deben ejecutar de acuerdo con el marco regulatorio vigente. Promoviendo al mismo tiempo el desarrollo del conocimiento de los profesionales de la salud en beneficio de los beneficiarios y usuarios en general.